Приблизительно за месяц до того дня, когда сотрудники ИК-1 подвергли заключенного Макарова страшным пыткам, Николаев сменил на посту Александра Чирву и временно исполнял обязанности начальника колонии. На допросе в суде, еще в качестве обвиняемого, Николаев особо отметил, что не стремился занять руководящий пост в ярославской колонии, тем более что оперативная обстановка, по его словам, там была очень сложной. Действительно, до прихода Николаева в колонию Макарова уже систематически избивали. Николаев, как он сам признался, выступая в суде, знал об этих избиениях, еще работая в аппарате УФСИН.
Уже будучи врио начальника ИК-1, Николаев получил в общей сложности семь обращений о пытках над Макаровым и другими заключенными от адвоката «Общественного вердикта» Ирины Бирюковой. Трижды к Николаеву обращалась мама Макарова, требуя вмешаться, защитить сына и прекратить пытки над ним. Николаев обещал ей, что избивать ее сына больше не будут, однако вскоре за этим 29 июня 2017 года последовала совершенно чудовищная «воспитательная работа», записанная на тюремный видеорегистратор. Через год эта видеозапись облетит все СМИ и ляжет в основу самого громкого эпизода «Ярославского дела».
Потерпевший по этому делу Евгений Макаров попал за решетку в 19 лет за умышленное причинение вреда здоровью. Закон, правда, он нарушал еще подростком, но тогда все закончилось для молодого человека испытательным сроком. Наказание он отбывал в ярославской ИК-1. Лишь ближе к окончанию срока его перевели в ИК-8.
За преступления юности Макаров заплатил дорого: он провел в заключении более 6 лет, лишившись возможности, выйдя на свободу, найти работу и успешно встроиться в общество. В колонии он систематически подвергался пыткам, унижениям, его сажали
в штрафной изолятор и одиночку за рекордное для ярославского зэка количество нарушений — их насчитали 138. От отчаяния, и чтобы избежать хотя бы части пыток и унижений, Макаров несколько раз пытался покончить собой. На свободе кроме мамы его никто не ждал.
Молодой человек стал жаловаться на нарушения и пытки со стороны сотрудников ФСИН. Фонд «Общественный вердикт», представляющий интересы Макарова, всеми возможными способами пытался привлечь внимание государства к ситуации в ИК-1, но показные проверки не подтверждали фактов незаконного насилия. Жестокое избиение, попавшее на служебный видеорегистратор, а затем при помощи «Общественного вердикта» — в СМИ, положило начало большому «Ярославскому делу», которое обросло впоследствии несколькими эпизодами и «прославило» ярославскую ИК-1, а вместе с ней и ИК-8, на всю страну.
Видео о «воспитательной работе» над неудобным нарушителем режима длится 10 минут, а сама изощренная пытка, по словам Макарова, длилась минут 40. Ему нанесли в общей сложности 865 ударов, после которых он долго не мог ходить и мочился кровью. После избиения Макарова в полубессознательном состоянии оттащили в карцер, где надежно изолировали от остальных арестантов. Защитников под самыми разными предлогами к нему не пускали.
Уголовное дело по факту превышения должностных полномочий с применением насилия было возбуждено спустя несколько часов после публикации видео — до публикации видеодоказательств жестоких пыток все жалобы Макарова и его защитников из «Общественного вердикта» получали у следователей СК отписку: «нет состава преступления».
После публикации видео 18 сотрудников ФСИН были арестованы, несколько человек отстранены от работы, кто-то уволился сам. Если бы не публикация, неизвестно, остался ли Макаров в живых. На том видео его, голого и распластанного на специально для этого сдвинутых партах в классе воспитательной работы, больше дюжины фсиновцев бьют кулаками и дубинкой по ногам, пяткам, спине и голове, поливают водой и душат мокрой тряпкой.
На суде фигуранты дела и их адвокаты оправдывали пытки поведением заключенного, утверждая, что Макаров был настолько злостным нарушителем, что у сотрудников колонии просто не было выбора. При просмотре пыточного видео некоторые подсудимые ухмылялись, а во время допроса матери Макарова, задавали ей унизительные вопросы, стараясь опорочить не только ее сына, но и ее саму.
Макаров на свободе. Рядовые сотрудники колонии, избивавшие его, — по ту сторону решетки. Начальство, тем временем, пока ушло от наказания и оправдано. Сломанная судьба, юность, проведенная за решеткой среди взрослых уголовников и садистов из системы ФСИН, и такая печальная слава не дают Макарову особых шансов социализироваться, выучиться на какого-либо специалиста и найти работу. Исправительная колония не справилась со своей основной функцией — исправлением, наказала в итоге и Макарова, и своих сотрудников.
По результатам следственной проверки было установлено, что Николаев и его первый заместитель Игит Михайлов не просто были в курсе планируемого избиения Макарова, но и организовали его, распорядившись о перекрытии КПП 29 июня 2017 года, приказав отработавшей смене остаться в колонии и принять участие в «воспитательных мероприятиях», при этом записать видео для отчета о проделанной работе.